Dès l'époque celtique, une bourgade
dénommée Autric, appartenant au peuple des Senons,
existait au sud-est de la ville actuelle, à proximité
d'un gué sur l'Yonne. A l'Autric gaulois succéda
après la conquête romaine "Autessiodurum"
que traversait la voie Agrippa et que deux autres voies mettaient
en relation avec Nevers et Paris. A l'époque des grandes
invasions, la cité devenue chef-lieu d'un pagus fut détruite
et rebâtie sur une hauteur voisine, où elle s'entoura
d'une muraille derrière laquelle se réfugièrent
l'évêque et le comte. Toute une série de grands
évêques se succédèrent à cette
époque : saint Amatre (mort en 418), saint Germain (mort
en 448) sur le tombeau duquel un monastère se fonda hors
les murs et qu'enrichirent et protégèrent tout spécialement
les souverains mérovingiens, puis carolingiens. L'irruption
des Sarrasins en 732, des Normands à la fin 9ème,
amenèrent la ruine des faubourgs et des établissements
monastiques suburbains, exception faite de Saint-Germain qu'une
enceinte défensive protégeait. Les comtes de Nevers
entrèrent en possession d'Auxerre et de son comté
au début 11ème. Au 12ème, la ville et ses
faubourgs furent dotés d'une nouvelle enceinte. Au début
13ème, l'évêque Guillaume de Seignelay fit
bâtir une nouvelle cathédrale qui fut achevée
au 16ème. Charles V acheta en 1371 la ville et son comté.
En 1412, les ducs d'Orléans et de Bourgogne y signèrent
une paix éphémère. A partir de 1419, la ville
adhéra à la cause bourguignonne. Ville et comté
furent cédés en 1424 par Henri VI d'Angleterre au
duc Philippe le Bon et administrés par le bailli-poète
Jehan Régnier. La réunion définitive à
la Couronne eut lieu en 1477. La ville fut occupée par
les huguenots, qui y commirent de nombreux actes de vandalisme,
en 1567-1568. Elle perdit son évêché, mais
devint le siège de l'administration départementale
en 1789. Viticulture, commerce des vins et batellerie restèrent
longtemps encore les activités principales de la ville.
Elle a vu naître l'abbé Jean Lebeuf, le capitaine
Coignet, Paul Bert et Marie Noël. La commune de Vaux a fusionné
avec celle d'Auxerre en 1972. Jean-Pierre Soisson, maire, député
(apparenté UDF); ancien ministre (3 fois).